samo zniknac nie zniknie, jezeli chcesz wyciagnac baner na sama gore, ponad kolumny lewa/centralna/prawa to musisz go wrzucic w hook top. ewentualnie zostawic w hook home ale wypozycjonowac go relatywnie przez style.
jezeli chcesz usunac ze strony glownej kolumny lewa i prawa i zostawic tylko centralna to muisz dodac argumenty {if $page_name=='index'} {/if} dla tych kolumn w plikach header.tpl oraz footer.tpl
PS.
jednak polecalbym prostsze rozwiazanie. poszukaj jakiegos darmowego szablonu z zadowalajacym rozmieszczeniem kolumn, modulow itp (jest tego tyle, ze napewno znajdziesz) a pozniej tylko dostosuj style pod siebie.
