Nie wiem dlaczego u Ciebie tłumaczenie nie działa - u mnie na każdym sklepie jest OK.
Ale zawsze możesz zmienić temat bezpośrednio w funkcji wysyłającej:
Katalog classes plik PaymentModule.php
Mail::Send((int)$order->id_lang, 'order_conf', Mail::l('Order confirmation', $order->id_lang),
$data, $customer->email, $customer->firstname.' '.$customer->lastname, NULL, NULL, $fileAttachment);
Mail::l('Order confirmation', $order->id_lang) zmień na 'Potwierdzenie zamówienia'