Mam nadzieję, że udało mi się już posprzątać. Wrzuciłem Prestę na inną domenę, wgrałem bazę danych z tamtej domeny, wyeksportowałem kategorie do csv, namierzyłem ID niechcianych kategorii, usunąłem je w phpmyadmin i o dziwo wszystko się naprawiło:-). Pewnie dla zawodowców jest lepszy i mniej chaotyczny sposób, ale ja jestem amatorem i trochę po partyzancku i metodą prób i błędów działałem, ale wydaje się że już jest OK. Potestuję to jeszcze i zobaczę.
Dzięki wszystkim za pomoc.