Hej, trochę może odświeżam stary temat, ale znalazłem przypadkiem plik odpowiedzialny za to skąd ma pobierać moduły.
Jest to plik "config.inc.php" i znajduje się w folderze config\

Folder modułów wiersz 72, zmieniasz '/modules/' na swój folder z modułami '/themes/prestashop/':
define('_PS_MODULE_DIR_', _PS_ROOT_DIR_.'/modules/');
Jest tam wcześniej jeszcze jakaś baza modułów, więc musisz próbować co i jak.
Wydaje mi się że powinno działać, ale nie sprawdzałem.