Udało mi się znaleść rozwiązanie. Trzeba wstawić dodatkowo jedną linie w każdej z metod płatności,k której nie chcemy mieć przy danym sposobie wysyłki. Przykład dla paypala /nie będzie sę pojawiał w wyborze wysyłki nr 5 - edytujemy plik paypal.php
public function hookPayment($params)
{
global $smarty;
// BO ship2pay tweak
if ((intval($params['cart']->id_carrier))==5) return;
// EO ship2pay tweak
$address = new Address(intval($params['cart']->id_address_invoice));
$customer = new Customer(intval($params['cart']->id_customer));
$business = Configuration::get('PAYPAL_BUSINESS');
$currency = $this->getCurrency();
------------