no to trafiles.... ktos bardzo "godny" odpowiedzial na twoje pytania...
po pierwsze co ma product.tpl do wyszukiwarki? uwierz mi, zazwyczaj to tam nie ma kodu odpowiedzialnego za (ladnie nazwane) Searchbox-a
za niego odpowada modul poprostu 'wyszukwarka', czyli modul 'blok szybkiego wyszukiwania'
co do wyszukiwarki to tego mozesz normalnie, analogicznie do tego co pisalem wyzej, przeniesc modul w pozycjach, nie zapominajac o bootstrampie, czyli bedzie trzeba, i w tym i w reszczie sasiadujacych modulow (rowniez w logo), zmienic kolumny bootstrampa, zeby to wszystko ladnie sie z automatu ukladalo pomiedzy soba.
co do stopki, rzeczywiscie, jakos sie zapedzilem i po sprawdzeniu faktem jest, ze blok cms daje nam tylko jedna kolumne w stopce. w standardzie raczej nie wielee zdzialasz. zostaje, albo implementacja jakiegosdodakowego modulu i spozycjonnowanie go wedle uznania (wraz z ustawieniem porpawnym kolumn dla bootstramp) albo przerobienie modulu i wykorzystanie np. jednej z niewykorzystywanych kolumn (np. prawej) i ta dodac do stopki (plik .tpl <- przeniesienie hook), wtedy bedziesz mial kontrole z jednego modulu nad caloscia stopki.