Cześć,
miałem podobny problem, również błąd przy aktualizacji presty. Niby problem po stronie bazy danych, pliki się dobrze aktualizują a baza nie chce.. no ale.
Rozwiązaniem okazało się postawienie obok czystej presty (w wersji tej którą mamy aktualnie). Wywalenie czystej bazy danych, podgranie w jej miejsce tej którą mamy z danymi.
Taka presta już się ładnie zaktualizowała bez najmniejszych błędów. Trzeba tylko teraz nanieść różnice np. zmiany w szablonie. Wgrać fotki itd. Ale jak dużo zmian nie robiłeś a masz np. 400 produktów wprowadzonych to jest to i tak szybsza wersja. (Mi eksport produktów i kategorii do csv źle działał, więc tą drogę dałem sobie spokój)
W mojej wersji presty również praktycznie nic nie zmieniałem (drobnostki) i tylko jeden moduł został dodany (przelewy24).
Podsumowanie - ogólny wniosek.
Najpewniej wina leżała w plikach, skoro ta sama baza danych poszła bez najmniejszego problemu, to nie ona była wprost przyczyną błędów.