Miałem taki sam problem z aktualizacją trzeba najpierw uruchomić instalację wyświetlą się pliki i katalogi którym trzeba zmienić prawa. Po zmianie praw wg tej listy cofasz się i wybierasz aktualizację i powinno zadziałać .
Żeby aktualizacja była aktywna trzeba skopiować z kopi zapasowej plik settings.inc.php z katalogu /config do nowej wersji wtedy aktualizacja robi się aktywna