Nie wiem jak u Ciebie, ale w moich dotychczasowych hostingach po prostu tworzyłem subdomenę, która wskazywała na ten konkretny katalog, gdzie jest zainstalowany sklep.
Przykładowo jeżeli masz ścieżkę do twojego katalogu ze sklepem:
/home/mojekonto/public_html/sklepTo właśnie taką ścieżkę ustawiasz jako główny katalog dla tej subdomeny:
sub1.domena.pl -> /home/mojekonto/public_html/sklepW/g tego co piszesz to aktualnie masz ustawiony taki sam katalog dla domeny głównej i subdomeny coś w stylu:
www.domena.pl -> /home/mojekonto/public_html
sub1.domena.pl -> /home/mojekonto/public_html