Miałem ten sam problem. Musiałem wszystkim katalogom dawać ręcznie prawa zapisu 777, a moduły wgrywałem ręcznie. W dodatku każdy proces Prestashop zmieniał mi samoistnie ownership gid:uid
W końcu okazało się, że jest to kwestia konfiguracji Apache serwera. Napisałem do admina, czy na serwerze działa suPHP i okazało się, że nie. System zarządzania prawami plików był zypełnie inny.
Po rekompilacji wszystkie problemy zniknęły jak ręką odjął. Mogę mieć wreszcie katalogi z prawami 755, pliki 644 i nie mam już żadnych błędów.