Witam,
ad. 3. Edycja global.css, znajdź poniższy div i dopisz do niego opcję margin i padding z odpowiednimi wartościami (pokombinuj):
h1#logo {
margin:20px 0 0 0;
padding:0 50px 0 0;
}
ad. 2. Możesz edytować np moduł "blocklinks" nazwać go inaczej i wyświetlić w danej kolumnie.
ad. 1. Podobnie jak napisałem dla pkt 2, tyle że szukasz poniższego div'a:
#search_block_top {
margin:135px 0 0 0;
padding:0 65px 0 0;
}