jak pisalem wczesniej musisz przypisac zmienna w controlerze/classie dla danego maila. zmienna masz wpisana w szablonie mail ale nie masz jej wysylanej z powyzszego:
classes/PaymentModule.php
odszukaj funcje odpowiadajaca za danego maila, w tym wypadku w zaleznosci od wersji, ale umnie okolice 560 linijki i dodaj '{id_order}' => $order->reference,