Nie musisz wyłączać tej opcji, zasada jest taka że po wyłączeniu friendly url powinieneś opróżnić cache następnie możesz je włączyć i wszystko powinno działać jak należy (chodzi o to żeby htaccess sie poprawnie na nowo wygenerował z przyjaznymi linkami w 1.4 musisz go wygenerować ręcznie).
Informacja która ci się wyświetla to tylko informacja i należy ją rozumieć tak jak jest napisane, czyli że nie jest możliwe sprawdzenie czy obsługuje, ale jeśli działa to obsługuje (popularny komunikat na hostingu home.pl)