dalej nie rozumiem po co i na co.... ale bez roznicy... raz, zmianiasz przedrostki w kazdej z bazie, importujesz do jednej... dwa, zmianisz wpis PRFIX w poszczegolnych plikach ./config/settings.inc.php i to w sumie tyle z kwestii przerobek.
ale... po pierwsze takie rzeczy robi sie na multistore, po to jest to dobrodziejstwo, dwa przy takiej kombinaji musisz miec naprawde mocny serwer... raczej serwerek za 100-200zl rocznie mzoe ci nie pociagnac takiego rozmiaru bazy.