Jeśli chcesz logo do środka to wejdź do header.tpl i kombinuj
Tak, kombinuj. Najlepiej będzie jak sam zrozumiesz co jak działa. Zrób kopię i walcz. Podpowiem tylko że <div id="header"> jest podzielony na dwa inne <div> których musisz się pozbyć.
A wyszukiwarkę do lewego panelu dodasz w prosty sposób. Moduły -> Pozycja -> Przemieszczenie modułu -> Prosty blok wyszukiwania -> Lewa kolumna